承平４年（９３４年）肥後国司藤原保昌下向の時、京都八坂神社（山城の国祇園宮）の御分霊を府中湯の原（現二本木グラウンド付近）に奉祀創立、本年御鎮座１０８０年となる。
上の絵図は明治初期の境内絵図である。左上部花岡山（岡見山には天元三年から七七〇年間鎮座）、正保四年、北岡の森に社殿を建立された。
創立以来、代々の国司、菊池氏、加藤家、細川家によって崇敬された。明治の神仏分離の際、北岡宮と、同四年北岡神社と改称。絵図では社殿が現社務所になっているが一七年鎮座九五〇年紀念として岡上を開いて現社殿を築造。今回記念事業の一環として岡下の土地の再取得が大きな願いとなっている。